FFU空气过滤器主要有以下几点优点：
1.节约空间——利用FFU风机过滤单元可以有效的节省空间，解决洁净室吊顶顶端维修空间狭小的问题。
由于高级别的洁净厂房需要百级甚至十级层流罩来解决工艺需求，洁净室的吊顶的上部将设立一个个巨大的送风静压箱，静压箱内设立通风机，这些静压箱连同送风管、回风管从而会占据很大的空间，使得维修空间变得狭小，有时甚至影响消防通道的使用。
当我们使用FFU时，洁净室的吊顶将会被分为若干模块，每个模块就是一个FFU，这样我们可以通过调节每个模块来满足吊顶上部送风静压箱的压力平衡的要求，从而大大降低了对该静压箱高度的要求。同时可以省去巨大的送风管、回风管，所以可以节省安装空间。特别是在改造工程受到层高限制时，FFU可以有效的解决这一问题。
而且FFU尺寸多样，可根据洁净室的实际大小来定制，且正因为这个原因，其占用送风静压箱内较少的层高，甚至基本上不占用洁净室内空间，所以能够更好地节省空间。
2.FFU灵活性——利用FFU独立性的结构特点，可随时调整，弥补洁净室机动性能不足，从而解决了生产工艺不宜调整的缺点。
洁净室厂房的维护结构一般为金属性板制作，一般建成后，布局不能随意改动，但由于生产工艺的不断更新，使得原有的厂房洁净度布局不能满足新工艺的需求，导致洁净室由于产品换代需要频繁的改动，大量浪费财力、物力。
如果通过增减FFU数量的方法，就可以局部调整房间的洁净度布局，用以满足工艺的改动，而且FFU自带动力、风口、灯具，从而可以节省大量的投资。这对于通常集中送风的净化系统来说几乎是不可能达到同样效果的。
因为FFU是自带动力的，它不受区域的限制。在一个偌大的洁净厂房里，可根据需要，分区控制。而且，随着半导体生产工艺的变化，厂房布局必然要作相应调整，FFU的灵活性使得这样的调整变得轻松，而且不会带来二次投资。
3.减少运行成本——FFU系统节能显著，从而解决了空调机房庞大、空调机组运行费用增高的集中送风的缺点。
如果面积较大的洁净室厂房的个别洁净间有较高的洁净级别的需求，那么集中送风的空调机组风量较大，风机压头较高，才能克服风管管道的阻力以及初效过滤器，中效过滤器，高效过滤器的阻力，才能满足需求。而且集中送风系统只要空调机出现故障，就会造成这台空调机所涉及的全部洁净室停止运行。
虽然在前期选用FFU时，初期投资要比使用风管通风高，但它在后期运行中，突出的表现出节能、免维护等特点，使得FFU更受欢迎。
4.负压密封
这是FFU的独特特点。由于它本身能够提供静压，使得送风静压箱相对于洁净厂房负压。因此即使风口安装存在泄漏，也是洁净室向静压箱泄漏，不会形成对洁净室的污染。使得密封变得很简单而且安全。
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